La Terre est devenue inhabitable en raison de l'invasion de créatures géantes, notamment Godzilla. Les survivants humains, à bord d'un vaisseau spatial, décident de retourner sur Terre après des années d'exil pour tenter de reprendre la planète à Godzilla. Le film suit le capitaine Haruo Sakaki, un des derniers espoirs de l'humanité, et son équipage dans leur lutte désespérée contre Godzilla. Cependant, à leur retour, ils découvrent que la planète est devenue méconnaissable et que Godzilla règne en maître.